«نون والقلم» داستان دو میرزابنویس به نامهای میرزا اسدالله و میرزا عبدالزکی است. در شهر خبر میپیچد که یکی از افراد سرشناس و ثروتمند به نام ممرضا مرده است. شخصی به نام میزانالشریعه از سوی حکومت مسئول رسیدگی به اموال او میشود. میزانالشریعه عبدالزکی و اسدالله را با خود همراه میکند و با پیشکارِ کلانتر و چند قراول به ده ممرضا میرود. حسن، پسر ممرضا، هممکتبی اسدالله بوده و از اینکه در این توطئه با حکومتیها همدست شدهاست از او گلهمند میشود. اسدالله از این قضیه اظهار بیاطلاعی میکند و میگوید تنها برای حلوفصل امور مالی ممرضا با میزانالشریعه همراه شده است. حسن برای اسدالله توضیح میدهد که حکومتْ پدرش را چیزخور کرده و حالا قصد دارد اموالش را به اسم وقف و مصالحه بالا بکشد. او توضیح میدهد که همان روز که پدرش کشته شده، شش نفر دیگر از آدمهای سرشناس شهر هم به دلایلی نامعلوم مردهاند. همۀ این آدمها اهلحق بودهاند و سرسپردۀ پیری قلندر به نام تراب ترکشدوز. حسن میگوید حکومت از قلندرها ترسیده و برایشان توطئه چیده است. اسدالله که این سخنان را میشنود، عبدالزکی را هم در جریان میگذارد و این دو از امضای سندی که میزانالشریعه برای بالاکشیدن اموال ممرضا تهیه کرده سر باز میزنند. میزانالشریعه و دار و دستهاش شبانه میخواهند به شهر برگردند؛ اما مردم ده بر سرشان میریزند و اسیرشان میکنند، اما میرزابنویسها به شهر برمیگردند و میبینند که قبلۀ عالم ـ حاکم شهر ـ فرار کرده است و قلندرها ادارۀ امور شهر را در دست گرفتهاند و تراب ترکشدوز رهبر قلندران شده است. ایادی حکومت قبلی که موفق به فرار نشدهاند، از تراب ترکشدوز اماننامه میگیرند و کلید ارگ را به او تقدیم میکنند و قلندرها از تکیهها و خانقاهها به ارگ شاهی نقلمکان میکنند و دستبهکار ساختِ توپهای جنگی برای مقابله با قبلۀ عالم میشوند، زیرا شنیدهاند که قبلۀ عالم با دولتهای همسایه روی هم ریخته و بهزودی به کشور بازمیگردد. تراب ترکشدوز عبدالزکی را مسئول ثبت و ضبط اموال و سلاح و آذوقه میکند و اسدالله را مسئول دیوان قضا و رسیدگی به شکایات مردمی. از سوی دیگر قلبۀ عالم بهصورت پنهانی و از طریق مأموران خفیهاش سعی میکند مردم را علیه قلندران بشوراند. قلندران هم که به آداب مملکتداری آشنا نیستند، با هر تصمیم اشتباهی بر این تنشها میافزایند و اوضاع را خرابتر میکنند. آنها در آغاز با وعدۀ بهبود شرایط روی کار میآیند؛ اما طولی نمیکشد که همهچیز بدتر از قبل میشود. زندانهای ویرانشده بازسازی و اعدامها از سر گرفته میشود. اردوی حکومت بعد از ششماه و بعد از ساختوپاخت با دولت همسایه، به کشور برمیگردد. زدوخورد بین قلندران و نیروهای حکومتی شدت میگیرد. در همین زمان دعوتنامهای از طرف پادشاه هند برای قلندران میآید و به هند دعوت میشوند. قلندران بخشی از زنان حرمسرای قبلۀ عالم را بهعنوان هدیه برای دربار هند با خود میبرند و به هند میگریزند. عبدالزکی و حسن و دیگر پسران ممرضا هم با قلندران میگریزند؛ اما اسدالله - سخنگوی نویسنده - میماند. قبلۀ عالم وارد شهر میشود، عدهای را دار میزنند، عدهای را به زندان میاندازند و عدهای را هم تبعید میکنند، اسدالله یکی از این تبعیدیهاست.
نثر روان و ساده، بیان شعاری، طنز ملیح و دلنشین، بهرهگیری از شگرد داستان در داستان و بهکارگیری تمثیل از عمدهترین ویژگیهای سبکی «نون والقلم» است. آلاحمد در این رمان دو مضمون اصلی را مدنظر دارد: یکی چرایی شکست قیامها و نهضتهای استبدادستیز در ایران معاصر و دیگری حرمت قلم که همسنگ شرف آدمی است.